Eine Vielzahl von Schutzgebieten spiegelt den hohen Wert der Landschaft im Süden Sachsen-Anhalts für den Naturhaushalt wider.
Die Trasse nähert sich den FFH- bzw. Landschaftsschutzgebieten „Saale-Ilm-Platten bei Bad Kösen“, „Himmelreich bei Bad Kösen“ und „Saalehänge bei Tultewitz südlich Bad Kösen“. Zur Gewährleistung der ökologischen Durchlässigkeit wird als Querungshilfe für Fledermäuse ein Fledermaustunnel (Breite 7m, Höhe 3m) nahe der Ortslage Tultewitz angeordnet. Zum Schutz des bekannten Fledermausbestandes im Bereich der umliegenden Waldflächen am nördlichen Widerlager des Bauwerk 3A werden Fledermausüberflughilfen vorgesehen.
Weitere Maßnahmen sind u. a. der Rückbau und Renaturierung von Straßenabschnitten, Aufforstung und Leitpflanzungen, Extensivierung von Ackerfläche und die Anlage von Feldhecken, Baumreihen sowie Halbtrockenrasen.
Während der Bauausführung sorgen bauzeitliche Schutzeinrichtungen, wie Zäune und Leiteinrichtungen, für den Artenschutz.